Naarmate de levensverwachting van de patiënten toeneemt, verschijnen nieuwe bijwerkingen als gevolg van de tritherapie. Voorbeelden zijn hart- en vaataandoeningen zoals hartinfarct en hersenberoerte (cerebrovasculair accident). Ze zouden te wijten zijn aan een directe toxiciteit van het virus. Patiënten die de behandeling stopzetten, lopen een hoger risico op hart- en vaataandoeningen, ongeacht de onderliggende immunodepressie.
Bovendien zouden bepaalde antiretrovirale middelen het metabolisme (de verwerking) van de lipiden (vetten) verstoren. Daardoor stijgt de cholesterolconcentratie en daarmee ook het risico op hart- en vaataandoeningen.
